拟南芥数据库,探究拟南芥研讨的宝库——拟南芥数据库总述

数据库 2024-12-28 3

拟南芥数据库中最威望和广泛运用的是TAIR（The Arabidopsis Information Resource）。以下是关于TAIR数据库的一些具体信息：

1. 数据库简介： TAIR是由美国斯坦福卡奈基科学研讨所保护的拟南芥信息资源中心，供给拟南芥（Arabidopsis thaliana）的遗传学和分子生物学数据。它是国际上最威望的拟南芥基因组数据库和拟南芥基因组注释体系，供给丰厚的数据资源和最新的注释信息。

2. 数据内容： TAIR供给的数据包含完好的基因组序列、基因结构、基因产品信息、基因表达、DNA和种子库、基因组图谱、遗传和物理符号、出版物等。还包含一些生化途径数据（如AraCyc和PlantCyc）和SNPs、刺进、删去和TDNAs的变异数据。

3. 运用东西： TAIR供给多种生物信息学东西，包含查找、阅读、批量下载、GO富集剖析等。用户能够经过这些东西轻松找到基因的功用、序列、表达量、以及突变体等相关数据。

4. 拜访和运用： TAIR网站供给了具体的拜访办法和运用指南，国内科研、教育安排能够经过国家科技图书文献中心（NSTL）等途径免费运用。

5. 协作与资源： TAIR与坐落俄亥俄州立大学的拟南芥生物资源中心（ABRC）协作，为全球用户供给DNA和突变体种子等研讨资料。 TAIR成功整合了数据、东西和研讨资料，成为植物研讨的“一站式”信息纽带。

经过以上信息，能够看出TAIR是一个功用强大且资源丰厚的拟南芥数据库，十分合适用于拟南芥及相关植物的研讨。

探究拟南芥研讨的宝库——拟南芥数据库总述

拟南芥（Arabidopsis thaliana）作为植物生物学研讨中的形式生物，其基因组、转录组、甲基化组等多组学数据的研讨关于提醒植物生长发育、环境习惯等生物学进程具有重要意义。跟着高通量测序技能的快速开展，很多拟南芥多组学数据被发生并存储在各个数据库中。本文将对几个重要的拟南芥数据库进行总述，以期为研讨者供给快捷的数据获取和剖析渠道。

AtMAD——拟南芥多组学归纳数据库

AtMAD（http://www.megabionet.org/atmad）是一个集成了拟南芥基因组、转录组、甲基化组、环境和表型之间相关的公共数据的归纳数据库。该数据库由1001 Genomes Consortium和1001 Epigenomes Project供给数据支撑，整合了1135个拟南芥天然近交系的基因型数据，以及620个RNA-seq和甲基化数据。AtMAD数据库的构建旨在为研讨者供给一个全面、快捷的拟南芥多组学数据资源，有助于提醒基因组-转录组-甲基化组-环境-表型互动网络。

ARS——拟南芥RNA-seq数据库

ARS（Arabidopsis RNA-seq database）是一个整合了超越20,000个拟南芥RNA-seq数据的在线数据库。该数据库由南边科技大学生物系植物与食物研讨所翟继先课题组开发，整合了来自GEO、SRA、ENA和DDBJ数据库的RNA-seq数据。ARS数据库供给了一个方便快捷的查询东西，能够对一切文库进行基因表达水平定量和共表达网络剖析，并按突变体、处理条件、安排等进行分类。

TAIR——拟南芥基因信息资源

TAIR（The Arabidopsis Information Resource）是一个专门针对拟南芥基因的数据库，供给了拟南芥的基因组图谱、基因序列、结构、表达形式、功用注释以及翔实的代谢途径等信息。在最新版的TAIR数据库中，记录了拟南芥478条lncRNA的信息，为研讨者供给了丰厚的基因信息资源。

PLncDB——植物lncRNA数据库

PLncDB（Plantlongnon-codingRNAdatabase）是一个现在较为全面的植物lncRNA数据库，收集了EST剖析、RepTAS剖析、芯片、RNA-seq剖析及TAIR中发现的16,227个拟南芥lncRNA的信息。该数据库记载了植物在不同安排、发育阶段、突变体和应激处理条件下这些lncRNA的表达特性，为研讨者供给了丰厚的lncRNA信息。

PsctH——植物单细胞研讨归纳数据库

PsctH（Plant Single Cell Hub）是由华中农业大学棉花遗传改进团队开发的植物单细胞归纳数据库。该数据库供给了全面精确的不同植物不同安排各种细胞类型的细胞符号资源和剖析流程，并共享植物单细胞研讨相关的办法和文献。PsctH数据库还供给了一个植物符号基因数据库，以及不同物种不同安排的原始测序数据，便于研讨者进行数据剖析或剖析成果比较。

PCMDB——植物细胞marker数据库

PCMDB（Plant Cell Marker Data Base）是一个植物细胞marker数据库，收录了六种常见形式植物（拟南芥、水稻、玉米、大豆、西红柿和烟草）的三种不同类型的细胞符号。该数据库包含试验验证的符号基因、根据Bulk RNA-seq数据的差异表达符号基因以及经过scRNA-seq判定的特定细胞间的差异表达基因，为研讨者供给了丰厚的细胞marker信息。

拟南芥数据库为研讨者供给了丰厚的拟南芥多组学数据资源，有助于推进植物生物学研讨的开展。本文对几个重要的拟南芥数据库进行了总述，旨在为研讨者供给快捷的数据获取和剖析渠道。跟着高通量测序技能的不断开展，拟南芥数据库将不断完善，为植物生物学研讨供给愈加全面、精确的数据支撑。

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