蛋白质组学数据库,敞开功用基因组学研讨新篇章

数据库 2024-12-30 7

1. UniProt： https://www.uniprot.org/ 简介：UniProt是全球最全面、运用频率高、冗余度最低的蛋白数据库。它由SwissProt、TrEMBL和PIRPSD三个子数据库组成，供给高质量的蛋白序列和功用信息。

2. InterPro： http://www.ebi.ac.uk/interpro/ 简介：InterPro由欧洲生物信息研讨所（EBI）供给，首要整合了蛋白质宗族、结构域和功用位点等信息，用于蛋白质序列的剖析和注释。

3. iProX： https://iprox.org/ 简介：iProX是一个由我国蛋白质组学研讨者树立的数据库，旨在存储和同享根据质谱的蛋白质组学数据，支撑数据的标准化和同享。

4. CPTAC： https://proteomics.cancer.gov/ 简介：CPTAC数据库首要供给不同癌症类型的蛋白质组学数据，以及基因组测序、miRNA测序和DNA甲基化数据，支撑多组学联合剖析。

5. PRIDE： https://www.ebi.ac.uk/pride/ 简介：PRIDE是ProteomeXchange联盟的一部分，用于存储和同享质谱数据，支撑数据的标准化和同享。

6. PDB： https://www.rcsb.org/ 简介：PDB（Protein Data Bank）是一个存储蛋白质3D结构的数据库，供给蛋白的结构解析和功用注释。

7. IUPHARDB： https://www.guidetopharmacology.org/ 简介：IUPHARDB供给有关药物靶点、受体和通道的信息，包含其序列、结构、功用等。

8. CDD： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/cdd/ 简介：CDD（Conserved Domain Database）供给蛋白质保存结构域的信息，用于蛋白质功用的猜测和剖析。

这些数据库在蛋白质组学研讨中发挥着重要效果，科研人员能够根据详细需求挑选适宜的数据库进行数据查询和剖析。

蛋白质组学数据库：敞开功用基因组学研讨新篇章

跟着基因组学研讨的深化，生命科学范畴逐步进入了功用基因组学年代。蛋白质组学作为功用基因组学的重要组成部分，研讨蛋白质的表达、润饰、相互效果和功用，关于提醒生命现象和疾病机制具有重要意义。蛋白质组学数据库作为蛋白质组学研讨的重要东西，为科研人员供给了丰厚的数据资源和快捷的剖析手法。

蛋白质组学数据库概述

蛋白质组学数据库是存储、办理和剖析蛋白质组学数据的数据库系统。它包含了很多的蛋白质序列、结构、功用、相互效果等信息，为科研人员供给了全面、精确的蛋白质组学数据资源。现在，国际上已树立了多个闻名的蛋白质组学数据库，如Uniprot、PDB、InterPro等。

Uniprot数据库：蛋白质序列与功用信息的宝库

Uniprot数据库是国际上最全面、最威望的蛋白质数据库之一，由Swiss-Prot、TrEMBL和PIR-PSD三大子数据库构成。Swiss-Prot数据库首要收录了经过人工审阅的蛋白质序列和功用信息，具有较高的精确性和可靠性；TrEMBL数据库则收录了未经过人工审阅的蛋白质序列和功用信息；PIR-PSD数据库则收录了蛋白质序列、结构、功用等信息。Uniprot数据库为科研人员供给了丰厚的蛋白质序列、功用、相互效果等信息，是研讨蛋白质组学的重要资源。

PDB数据库：蛋白质结构的宝库

PDB（Protein Data Bank）数据库是国际上最威望的蛋白质结构数据库，收录了很多的蛋白质结构信息。PDB数据库中的蛋白质结构数据来源于试验测定和计算机模仿，为科研人员供给了丰厚的蛋白质结构信息。经过PDB数据库，科研人员能够了解蛋白质的三维结构、折叠方法、氨基酸序列等信息，为蛋白质功用研讨供给重要根据。

InterPro数据库：蛋白质功用注释的利器

InterPro数据库是一个蛋白质功用注释数据库，它经过整合多个蛋白质功用注释数据库，为科研人员供给了全面的蛋白质功用信息。InterPro数据库中的功用注释信息包含蛋白质宗族、结构域、功用位点、相互效果等。经过InterPro数据库，科研人员能够快速了解蛋白质的功用和特性，为蛋白质组学研讨供给有力支撑。