nr数据库,什么是NR数据库？

数据库 2025-01-12 1

NR数据库（NonRedundant Protein Sequence Database）是NCBI构建的一个非冗余蛋白序列调集，整合了来自GenPept、Swissprot等多个来历的数据。它首要用于蛋白质功用注释和物种注释，包含一切物种分类的蛋白序列数据。以下是NR数据库的具体介绍和运用办法：

NR数据库简介1. 界说和特色： NR数据库对错冗余的蛋白质序列调集，即它去除了重复的蛋白质序列，确保每个序列是仅有的。 NR数据库包含了来自不同基因组和非冗余的蛋白质序列，适用于各种生物信息学剖析，如序列比对和功用注释。

2. 数据来历： NR数据库整合了GenBank、EMBL、DDBJ和PDB等数据库中的蛋白质序列数据。

3. 用处：常用于蛋白质功用注释和物种注释。经过与NR数据库进行比对，能够快速进行物种判定和功用猜测。

运用办法1. 下载和构建NR数据库：拜访NCBI的官方网站，输入关键词“nr”或“protein”查找NR数据库页面。能够经过FTP下载NR数据库的fasta文件，然后运用相应的东西进行本地化构建。

2. 创立NR子库：因为NR数据库数据量巨大，为了进步特定范畴的注释功率，能够创立NR子库。运用东西如taxonkit、csvtk、ncbiblast等，能够依据物种分类信息创立子库。

3. 运用Diamond进行比对： Diamond是一种高效的序列比对东西，常用于与NR数据库进行比对。经过Diamond比对，能够获得具体的注释成果，包含物种信息和功用注释。

4. 序列标识符： NR数据库中的序列标识符通常以WP和XP最初，这些标识符代表了不同来历的非冗余蛋白质序列。

相关资源 NCBI NR数据库：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/about/nonredundantproteins/ Diamond软件：https://github.com/bbuchfink/diamond taxonkit和csvtk东西：https://github.com/shenwei356/taxonkit, https://github.com/shenwei356/csvtk

什么是NR数据库？

NR数据库，全称为Non-Redundant Protein Sequence Database，即非冗余蛋白序列数据库。它是美国国立生物技术信息中心（NCBI）保护的一个重要的生物信息数据库，包含了来自GenBank、EMBL、DDBJ、PDB等数据库中的非冗余蛋白序列信息。NR数据库是生物信息学研讨中常用的序列比对和注释东西，关于微生物学、分子生物学、遗传学等范畴的研讨具有重要意义。