蛋白质数据库有哪些, 常用蛋白质数据库介绍

数据库 2025-01-13 3

1. UniProt：这是最广泛运用的蛋白质序列数据库，包括很多的蛋白质序列、功用描绘和分类信息。

2. NCBI Protein：由美国国家生物技能信息中心（NCBI）保护，包括从GenBank、RefSeq和其他来历搜集的蛋白质序列。

3. PDB（Protein Data Bank）：存储了生物大分子（包括蛋白质）的三维结构信息。

4. Pfam：一个蛋白质宗族数据库，经过多序列比对和隐马尔可夫模型（HMM）来描绘蛋白质宗族的保存结构域。

5. InterPro：一个整合的蛋白质宗族、结构域和功用位点数据库，它结合了多个独立数据库的信息。

7. CATH（Class, Architecture, Topology, Homology）：一个蛋白质结构分类数据库，根据蛋白质的结构特征进行分类。

8. SCOP（Structural Classification of Proteins）：另一个蛋白质结构分类数据库，根据蛋白质的折叠类型进行分类。

9. ExPASy：瑞士生物信息学研讨所（SIB）供给的蛋白质剖析东西和数据库调集。

10. STRING：一个蛋白质蛋白质相互效果数据库，供给生物体中蛋白质之间相互效果的网络信息。

11. KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）：一个整合了基因组、生物化学途径和疾病信息的数据库，其间也包括蛋白质序列信息。

12. Metacyc：一个关于代谢途径的数据库，其间也包括相关的蛋白质信息。

这些数据库供给了丰厚的蛋白质信息，关于生物学家、生物信息学家和医学研讨人员来说都是名贵的资源。挑选适宜的数据库取决于研讨意图和所需信息的类型。

蛋白质数据库：生命科学研讨的重要东西

蛋白质是生命活动的根本物质，其结构和功用的研讨关于了解生命现象、疾病机制以及药物研制具有重要意义。蛋白质数据库作为存储和检索蛋白质相关信息的渠道，为科研工作者供给了强壮的数据支撑。本文将介绍一些常用的蛋白质数据库，并讨论它们在生命科学研讨中的使用。

常用蛋白质数据库介绍

1. UniProt

UniProt（The Universal Protein Resource）是一个综合性的蛋白质数据库，整合了Swiss-Prot、TrEMBL和PIR-PSD三大子数据库的资源。它供给了具体的蛋白质序列、功用信息，如蛋白质功用描绘、结构域结构、转录后润饰、润饰位点、变异度、二级结构、三级结构等，一起供给其他数据库的链接。