甲基化数据库,表观遗传学研讨的强壮东西

数据库 2025-01-14 1

甲基化数据库是研讨表观遗传学的重要东西，供给了丰厚的甲基化数据和剖析资源。以下是几个首要的甲基化数据库及其功用介绍：

1. MethBank：功用：MethBank是一个全面的甲基化数据库，集成了各种物种的共有参阅甲基化组（CRM），全基因组单碱基分辨率甲基化组（SRM），DNA和RNA甲基化东西（MeTools）以及表观基因组规模相关研讨（EWAS）。用户能够经过物种、项目、样本、安排、发育、疾病或东西来查找和检查甲基化数据，并拜访相关的生物布景和出版物。

2. DNMIVD：功用：DNMIVD是一个多方位剖析的数据库，供给根据DNA甲基化的确诊和预后模型、表达甲基化数量性状位点、途径活性emQTL、差异变量与差异甲基化CpGs、生计剖析等功用。用户能够方便地树立模型、阅读、查找和下载甲基化信息数据，并从各个方面可视化CpGs和基因启动子的甲基化图谱。

3. MEXPRESS：功用：MEXPRESS是一个可视化TCGA数据库中患者的临床信息、甲基化和表达之间联系的数据库。用户能够输入基因名和癌种，检查热图，聚集，自定义可视化，并下载图片。

4. SurvivalMeth：功用：SurvivalMeth是一个研讨DNA甲基化相关功用元素对预后影响的新式数据库，包括来自TCGA、CCLE和GEO的常用数据，记录了多种DMFEs，并答使用户查询他们感兴趣的基因，以便猜测预后。

5. scMethBank：功用：scMethBank是一个单细胞全基因组DNA甲基化图谱数据库，整合了来自不同研讨的单细胞DNA甲基化数据和元数据，包括多种细胞类型和疾病，支撑数据的搜集、整合、剖析和可视化。

6. DiseaseMeth：功用：DiseaseMeth是一个人类疾病DNA甲基化归纳数据库，供给海量数据的搜集、整合、剖析和可视化，专心于人类基因组中的表观遗传润饰。

这些数据库供给了丰厚的甲基化数据和剖析东西，适用于不同的研讨需求。假如你有详细的研讨方向或需求，能够挑选相应的数据库进行深化探究。

甲基化数据库：表观遗传学研讨的强壮东西

甲基化，作为一种重要的表观遗传润饰，在基因表达调控、基因组稳定性、细胞分解和疾病进程中发挥着至关重要的效果。跟着高通量测序技能的快速开展，很多甲基化数据被产生，怎么有效地办理和剖析这些数据成为了一个重要课题。甲基化数据库应运而生，为表观遗传学研讨供给了强壮的东西。

甲基化数据库概述

MethBank：多物种全基因组甲基化数据库

MethBank是由中国科学院北京基因组研讨所开发的一个多物种全基因组甲基化数据库。该数据库整合了斑马鱼和小鼠等多个物种的甲基化数据，包括了配子和前期胚胎等多个发育时期。MethBank供给了单碱基精度的甲基化数据，并集成了基因表达信息、SNP信息等多组学数据，为科研人员供给了全面的数据资源。

scMethBank：单细胞全基因组甲基化数据库

scMethBank是由中国科学院北京基因组研讨所（国家生物信息中心）开发的单细胞全基因组甲基化数据库。该数据库搜集了来自人类和小鼠的8328个单细胞全基因组甲基化图谱和原始数据，包括了15个项目、29种细胞类型和两种疾病。scMethBank为科研人员供给了单细胞水平上的甲基化数据，有助于研讨细胞异质性和疾病产生机制。